Sekolah kami didirikan pada tanggal 1 Agustus 1976, dibawah naungan Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik (YPPK) dan dikelolah oleh Ke-Uskupan Manokwari-Sorong. Yayasan ini dahulunya meliputi seluruh Wilayah Papua dan Irian Jaya Barat, namun YPPK ini sejak tahun 2003 diberikan kewenangan kepada tiap KeUskupan untuk mengelolahnya. Untuk SMP YPPK Manokwari dikelolah oleh Ke-Uskupan Manokwari – Sorong.
Sekolah ini terletak di Jln. Brawijaya dimana dahulu sebagian dari lokasinya meminjam/menyewa dari tanah Pemerintah Kabupaten Manokwari. Sekarang lokasinya terbagi atas dua bagian dimana bagian Utama terdiri atas :
a. Lama : 4 Ruang Kelas, 1 Ruang Serbaguna, 1 Ruang Guru, 1 Ruang Kepsek dan Ruang Tata Usaha, 1 Gudang, 2 WC Murid, 1 Lap. Upacara, 1 Lap. Bulu tangkis
b. Baru : Direncanakan sebagai : Ruang Tata Usaha, Ruang Kepsek, 2 WC Guru, 1 WC Kepsek.
Sedangkan bagian lain (pendukung) terdiri atas :
1 Ruang Perpustakaan, 1 Ruang Laboratorium IPA, 1 Ruang Laboratorium Komputer (dalam taraf penyelesaian), 4 Ruang kelas, 1 Lap bola kaki (Sekarang difungsikan juga sebagai Lap.Upacara), 1 Lap bola Volley.
Kedua lokasi ini sekarang dibawah kepemilikan Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik Ke-Uskupan Manokwari-Sorong. Jumlah luas kedua lokasi diperkirakan kurang lebih 4000 meter persegi
Tenaga pendidik yang berada disekolah ini sekarang berjumlah 19 Orang dengan perincian Guru Laki-laki sebanyak 9 orang dan Guru perempuan 10 orang. Siswa yang ada sekarang berjumlah 162 orang yang terdiri dari :
a. Siswa Kls VII : 62 orang
b. Siswa Kls VIII : 46 orang
c. Siswa Kls IX : 52 orang
dimana Kelas VII , VIII dan IX masing-masing terdiri dari 2 kelas.
Dalam rangka peningkatan kwalitas, maka sekolah kami pada saat ini sedang giat-giatnya mengusahakan agar dapat diadakannya sebuah Laboratorium Komputer. Laboratorium ini berdasarkan Swadaya dan juga bantuan dari pihak luar.
Tahap awal dari rencana ini, telah terealisasi dengan baik yaitu Pembuatan jaringan listrik yang dapat menampung kurang lebih 40 perangkat PC. Sedangkan tahap keduanya masih dalam proses menunggu dari PLN yaitu pemasukan jaringan listrik/daya dimana daya yang digunakan dimintakan 1300 watt. Sedangkan tahap ketiga yaitu masuknya kurang lebih 10 perangkat PC dari Mr. Wib (Thank for your Attention).
Selain itu pada sekolah kami juga sementara berjalan Program Tahunan untuk Siswa-siswi kelas IX yaitu Program Pengayaan yang meliputi 4 Mata Pelajaran yang akan di Ujian nasionalkan yaitu : matematika, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris dan pada tahun pelajaran ini 2007/2008 ditambah dengan IPA.
